Compete ao Fundo Nacional de Desenvolvimento da Educação (FNDE) a função redistributiva da contribuição social do Salário-Educação. Do montante arrecadado é deduzida a remuneração da RFB, correspondente a 1% (um por cento), a título de taxa de administração. O restante é distribuído em cotas pelo FNDE, observada em 90% (noventa por cento) de seu valor a arrecadação realizada em cada Estado e no Distrito Federal, da seguinte forma:

• cota federal – correspondente a 1/3 do montante dos recursos, é destinada ao FNDE e aplicada no financiamento de programas e projetos voltados para a universalização da educação básica, de forma a propiciar a redução dos desníveis sócio-educacionais entre os municípios e os estados brasileiros.
• cota estadual e municipal – correspondente a 2/3 do montante dos recursos, é creditada mensal e automaticamente em favor das Secretarias de Educação dos Estados, do Distrito Federal e dos municípios para o financiamento de programas, projetos e ações voltados para a educação básica.

A cota estadual e municipal da contribuição social do salário-educação é integralmente redistribuída entre os Estados e seus Municípios, de forma proporcional ao número de alunos matriculados na educação básica das respectivas redes de ensino apurado no censo escolar do exercício anterior ao da distribuição.
Os 10% restantes do montante da arrecadação do salário-educação são aplicados pelo FNDE em programas, projetos e ações voltados para a universalização da educação básica.

Em síntese: o FNDE fica com 40% dos recursos, o Distrito Federal e os Estados e seus Municípios ficam com os restantes de 60%.